Coordenar as funções dos membros da organização pode tornar-se um problema para os administradores de topo. Os membros de cada departamento podem sentir-se isolados (inferiores ou superiores) com relação aos que estão em outros departamentos. Torna-se, portanto, mais difícil que os empregados trabalhem de modo unificado para alcançar os objetivos da organização. Por exemplo, o departamento de produção pode se concentrar nas metas de custo ou nas datas de entrega e negligenciar o controle e a qualidade. Como consequência, o departamento de serviço aos clientes pode ficar sobrecarregado com reclamações.

Outra desvantagem importante é o custo da estrutura. As vantagens econômicas trazidas por uma estrutura funcional podem ser suplantadas pelos salários adicionais para administradores e pessoal e por outros custos indiretos que sejam necessários. Os administradores de topo devem avaliar com que frequência esperam utilizar as capacidades especiais de um departamento funcional. Numa pequena empresa, por exemplo, pode ser mais econômico contratar serviços jurídicos externos do que montar um departamento jurídico interno.