Quando a estratégia, a tecnologia e o ambiente demandam forte cooperação interdepartamental, a estrutura funcional torna-se contraindicada. Se surgem problemas que não se encaixam em nenhum departamento individual, os administradores têm dificuldades em resolvê-los. Ficam sem solução até virarem uma crise e chamarem a atenção da alta administração, deixando-a sobrecarregada com decisões que deveriam ter sido tomadas nos níveis mais baixos.

A organização funcional tem vantagens e desvantagens. Quando as circunstâncias são relativamente estáveis e necessitam de alto grau de especialização, as estruturas funcionais encorajam a concentração de especialização técnica, e tal concentração pode conduzir a um produto de melhor qualidade. Por outro lado, quando as condições são instáveis, as estruturas funcionais apresentam falta de flexibilidade. Isso é reforçado porque elas não dão nenhum incentivo à cooperação interdepartamental nem incentivam uma visão global, orientada para o aspecto sistêmico e empresarial da produção.