A lógica do projeto matricial é a superação dos pontos fracos das estruturas funcional e por produto que lhe dão origem. A estrutura funcional tem-se mostrado historicamente fraca em enfatizar os resultados do negócio e em proporcionar coordenação eficaz entre departamentos, mas tem sido boa para a interação entre especialistas e obtenção da perfeição técnica. Por outro lado, a estrutura por produto tem provado ser mais fraca no aprofundamento técnico, porém, mais forte em induzir a coordenação entre funções, manter a programação e controle dos custos. A vantagem que se espera da matriz é aproveitar os pontos fortes das duas estruturas enquanto os pontos fracos são evitados.

A estrutura matricial cria uma cadeia de comando dual, violando de forma explícita o princípio clássico da unidade de comando. Como são utilizadas duas formas de departamentalização simultaneamente, uma funcional e outra por produto, elas trazem as vantagens oriundas da especialização e da coordenação, respectivamente.

Como os empregados da matriz possuem dois chefes, o administrador do departamento funcional e o gerente do projeto, a autoridade é dividida: o gerente do projeto tem autoridade sobre os membros funcionais que fazem parte de sua equipe de projeto com relação aos objetivos, orçamento e cronogramas; o gerente funcional toma decisões relacionadas à carreira, promoções, alterações salariais e avaliações anuais de desempenho. Para que a estrutura seja realmente produtiva, os administradores funcionais e os gerentes de projetos devem comunicar-se com regularidade e cooperar na coordenação do pessoal.