Por outro lado, o conhecimento teórico e prático do condicionamento operante ajuda tanto administradores como psicólogos organizacionais a lidar, com maior desenvoltura, com os aspectos motivacionais de uma organização.

Uma das grandes dificuldades da aplicação do behaviorismo nas organizações é controlar as variáveis que interferem no mundo organizacional. Outro aspecto a considerar é a utilização da punição como forma de controle, pois, do ponto de vista organizacional, pode levar à instabilidade, à dependência ou obediência cega às normas e regulamentos, abafando, muitas vezes, a criatividade e a motivação do funcionário.