A segurança dos sistemas computadorizados ocorre por procedimentos e rotinas de controle. Procedimentos de controle previnem a segurança física, e rotinas de controle garantem a segurança lógica e a confidencialidade dos dados e informações.

Os SIACFs precisam de proteção contra: (a) captação indevida de dados (por ação de hackers, inclusive); (b) falhas de equipamentos ou humanas, com relação a omissão de procedimentos necessários; (c)falhas de operação; (d) falta de rotinas necessárias.

Além dos problemas listados, para possibilitar a qualidade do sistema, é necessário o treinamento das pessoas envolvidas com os sistemas, bem como a efetiva manutenção preventiva e corretiva dos equipamentos; prevista em contratos específicos de manutenção.