Considere-se que este fato comum pode significar que pessoas inescrupulosas venham a acessar contas bancárias em sistemas de pagamento eletrônicos e roubar fundos movimentando-os das contas de terceiros para as suas próprias. A prevenção desse tipo de fraude não é tarefa fácil, e uma área totalmente nova da ciência da computação está se desenvolvendo para lidar com as questões de segurança.

Uma preocupação posterior é que o uso de meios de pagamento eletrônicos deixa uma trilha que contém uma grande quantidade de informações pessoais sobre hábitos de compra. Há preocupações de que funcionários, comerciantes, bancos e governo possam ser capazes de acessar estes dados, usurpando a nossa privacidade.