Por muitos anos, o paternalismo das agências governamentais, na ação de indução do sistema cooperativista brasileiro, encobriu deficiências estruturais, tornadas públicas com a redução do papel do Estado na economia, a partir dos anos 1990.

Gigantismo da estrutura operacional - Os generosos subsídios concedidos no passado foram responsáveis pela realização de investimentos em projetos de baixa taxa de retorno econômico e pela expansão do território de atuação das cooperativas.

Desta forma, as cooperativas construíram unidades de produção superdimensionadas, gerando excesso de capacidade instalada que era mitigado por novos sócios arregimentados em localidades cada vez mais distantes.

É importante destacar que esses novos sócios contribuíram pouco ou nada para a realização dos investimentos preexistentes. Contudo, como tinham necessidades distintas dos associados pioneiros exigiam a realização de novas inversões que atendessem seus interesses econômicos.

A abertura de novas frentes de atividades, por vezes, de interesses de minorias, mas com o patrocínio de todos os cooperados, concorreu para o gigantismo empresarial, sem o suporte de estruturas administrativas adequadas.