O cooperativismo tradicional no Brasil possui deficiências estruturais como baixa taxa de retorno dos investimentos, gigantismo e dificuldades de capitalização.

Nota-se ainda que a gestão das cooperativas é conduzida de maneira não profissional, o que compromete o êxito dos empreendimentos explorados. O principal motivo que dificulta a profissionalização da gestão cooperativa é a arquitetura organizacional que não permite adequada separação entre propriedade e controle.

Dado que os princípios doutrinários recomendam limites ao pagamento de juros ao capital, as cooperativas têm dificuldade de captar os recursos necessários ao financiamento do crescimento e da modernização tecnológica.

Como alternativa, o modelo de nova geração de cooperativas permite alcançar a integração horizontal e vertical da produção, de forma a racionalizar o fluxo de produção de acordo com os sinais de mercado.

As cooperativas de nova geração superam problemas relacionados à ação de cooperados oportunistas e à capitalização, visto que as suas quotas-partes são negociáveis, o núcleo dos associados é composto dos melhores produtores e as relações cooperativas estão ancoradas em contrato formal.