A maioria dos financiamentos concedidos pelos fundos setoriais é para organizações sem fins lucrativos, como centros de pesquisa e incubadoras, e nesse caso não são reembolsáveis.

Mas a Finep aceita solicitações de financiamento a qualquer tempo, mediante consulta prévia, e desde que tenha vinculação com seus eixos de atuação, quais sejam:

• Ampliação do conhecimento e formação de recursos humanos;
• Aumento da competitividade de produtos, processos e serviços para o mercado internacional, visando o aumento das exportações;
• Aumento da qualidade e do valor agregado de produtos, processos e serviços para o mercado nacional sujeitos à competição internacional, visando à substituição seletiva de importação;
• Promoção da inclusão social e da redução das disparidades regionais;
• Valorização da capacidade científica e tecnológica instalada e dos recursos naturais do Brasil.

Nestes casos, a Finep pode adotar o modelo de financiamento por dívida ou equidade, dependendo do tipo de empreendimento e da sua proposta.