Outra modalidade de incubadora surgiu com muita força por volta de 1997, as chamadas incubadoras de Internet.

Essa modalidade está voltada principalmente para abrigar negócios virtuais, as chamadas empresas ponto.com, e envolvem, em geral, a participação da incubadora no capital da empresa incubada. Outra característica que distingue essa modalidade das demais são os fins lucrativos de seus proprietários. As demais incubadoras são, via de regra, mantidas por entidades governamentais, associações empresariais e universidades, ao passo que as incubadoras de Internet constituíam-se em negócios eminentemente privados. Esse tipo de incubadora praticamente sucumbiu frente à crise das ponto.com em 1999, embora algumas poucas, remodeladas, possam ainda ser identificadas.

Segundo os dados fornecidos pela Anprotec (2002), as incubadoras brasileiras estão assim distribuídas:

Conhecer o tipo em que uma incubadora se enquadra é fundamental para que o empreendedor procure ingressar na modalidade mais compatível com seu negócio.