Uma vez que o problema tenha sido identificado e caracterizado dentro de horizonte de tempo apropriado, os modeladores devem começar a desenvolver uma teoria chama de hipótese dinâmica, para compreender o comportamento problemático do sistema.

A hipótese é dinâmica porque deve contemplar uma explicação da dinâmica que caracteriza o problema, delineando a estrutura de feedback e de estoques e fluxos do sistema.

É uma hipótese porque é sempre provisória, sujeita a revisões ou abandono à medida que se aprende com o processo de modelagem do mundo real. Na prática, a discussão do problema com o cliente e membros da equipe é uma conversa confusa.

Cada membro da equipe tem uma teoria diferente sobre a origem do problema e é necessário tomar conhecimento delas e capturá-las. Muitas vezes, o objetivo do modelo é resolver um problema crítico que persiste há anos e causa sérios conflitos entre os membros da equipe.

Cada um tenta advogar suas posições e enfraquecer a dos demais membros do grupo. Desde o início, o modelador precisa agir como um facilitador, capturando esses modelos mentais sem criticá-los ou filtrá-los. Muitas técnicas auxiliam nessa fase, e o objetivo é ajudar o cliente a desenvolver uma explicação endógena (interna) para o problema.