A boa organização do Plano de Contas facilita bastante a utilização das contas.

Na classificação geral, cada conta é identificada por um código que a distingue das demais. A codificação poderá ser numérica ou alfabética, ou ainda utilizar a combinação de letras e números. Qualquer que seja o sistema de codificação adotado, deve ser de tal forma que a inclusão de contas novas não afete a numeração das demais.

Quando numérica, a codificação pode obedecer a critério decimal ou centesimal, para indicar os grupos de contas e suas subdivisões. A classificação decimal permite a inclusão de contas até um número de 10 para cada grupo específico e a centesimal, até 100 contas em cada subgrupo.

Como o critério decimal limita a 10 o número de códigos em cada grupo ou subgrupo, pode-se adotar um critério misto, em que os grupos e subgrupos se identifiquem por classificação decimal e as contas sigam ordem numérica centesimal.

As contas podem, ainda, ser classificadas por vários departamentos ou seções da entidade, considerando-se separadamente os resultados de cada uma.