Entre as desvantagens, a informática pode gerar acomodações do contador, fazendo com que ele não busque melhorias na técnica contábil, quando forem detectadas anomalias no sistema.

Outra desvantagem é a banalização dos meios, ou seja, qualquer profissional, mesmo quem desconhece a sistemática contábil, poderá realizar a contabilidade da entidade quando ela estiver informatizada.

Um aspecto a ser considerado são os problemas de energia. Variações de tensão na rede elétrica, picos de corrente, descargas elétricas e faltas de energia podem causar sérios problemas aos microcomputadores e impressoras, acarretando danos elétricos irreparáveis aos equipamentos e perda de arquivos. A instalação de no-break protege os equipamentos de problemas na rede elétrica e evita perda de tempo por falta de energia.

De outra parte, não se pode confundir bom software com boa administração. A informatização contribui para a boa administração, mas não supera necessidades específicas, tais como: a capacitação e a motivação dos recursos humanos; a solução de problemas organizacionais (geralmente não resolvidos pela informatização); e a elaboração de planejamento, já que os computadores não substituíram a decisão humana na definição do cenário desejado.

A informatização exerce a função de facilitar a execução, o controle e a análise dos eventos, o que poupa o tempo do contador e reduz a margem de erro no processo contábil.