Finalmente, as estruturas funcionais tendem a criar dificuldades quanto à cooperação interdepartamental. Elas criam fronteiras entre os departamentos de modo que, quando uma atividade requer cooperação urgente, elas podem representar obstáculos intransponíveis. A alta administração reforça tais barreiras quando avalia cada departamento pelo atingimento de padrões específicos de desempenho e pelo cumprimento dos respectivos orçamentos. Os gerentes dos departamentos dão-se conta disso e concentram seus esforços no cumprimento desses requisitos, relegando as necessidades dos outros departamentos a segundo plano. Para o chefe do departamento de produção, torna-se muito mais importante atingir os padrões e cumprir seu orçamento do que atender emergências do departamento de vendas voltadas para a necessidade do cliente.