Nem todo mundo se adapta bem a um sistema matricial. Para serem eficazes, os membros da equipe devem ter uma boa capacidade de relacionamento interpessoal, gostar de trabalhar em equipe, ser flexível e cooperativo. Além disso, a moral pode ser afetada negativamente quando o pessoal é realocado ao final de um projeto para outro que se inicia.

Se as hierarquias de autoridade não são firmemente estabelecidas e efetivamente comunicadas, há o perigo de que orientações conflitantes e responsabilidades mal definidas deixem alguns administradores em situação caótica. Para superar esses obstáculos, pode ser necessário treinamento especial em novas habilidades profissionais e em relacionamentos interpessoais. Para proteger os indivíduos que atuam em estruturas tradicionais, mas que provavelmente terão dificuldade de se ajustar a uma estrutura matricial, muitas empresas realizam retreinamento do pessoal, antes de designá-los para equipes de projetos, ou então selecionam apenas os voluntários para as equipes.