Os positivistas e neopositivistas afirmam que os fenômenos e comportamentos humanos e sociais podem ser tratados cientificamente pelo método experimental hipotético-dedutivo das ciências naturais. Entretanto, está se formando, na comunidade científica, um consenso em torno da ideia de que os fenômenos ligados aos seres humanos e às suas instituições sociais são fundamentalmente distintos dos fenômenos naturais. Enquanto as ciências físicas ou naturais têm como objeto de estudo fenômenos que se encontram fora do pesquisador, as ciências humanas e sociais estudam o próprio sujeito cognoscente, o que dificulta muito o conhecimento objetivo dos fenômenos a serem conhecidos.

A primeira questão que se coloca é a grande dificuldade de controle das variáveis de pesquisa, como é possível fazer nos laboratórios de física, por exemplo, onde é fácil simplificar os fenômenos tornando constantes variáveis como temperatura ou pressão.

A experimentação é outra grande dificuldade porque ações e reações humanas, quando reproduzidas em laboratório, se tornam artificiais, criando resultados muito distantes dos que poderiam ocorrer na prática social.

Aspectos éticos também podem ser impeditivos para a realização de experiências em laboratório porque muitas delas podem colocar em risco a integridade dos envolvidos.

Atualmente a neutralidade do pesquisador é posta em questão até nas ciências naturais porque interesses financeiros sempre estão em jogo nas pesquisas científicas, é praticamente impossível nas ciências humanas, uma vez que o próprio cientista é parte integrante da sociedade e participa de suas instituições e processos.