É bom lembrar que as Organizações Virtuais não são a única forma de negócio para o futuro e que também apresentam dificuldades, que são:

• as comunicações globais não são adequadas o suficiente para todas as corporações virtuais e há a possibilidade de os equipamentos não serem compatíveis, pois a variação ao nível global é muito alta;
• a complexidade criada pela existência de muitos parceiros;
• a concorrência e a rápida obsolescência (BERTO, R. S., 1997);
• restrições ou indefinições legais de natureza global;
• há um sentimento nacionalista que cresce, além de resistências culturais ao trabalho compartilhado;
• ao cessar a sua existência, o que acontecerá com as responsabilidades no sentido dos clientes e com as pessoas que nela trabalham?
• nesse ambiente, a cultura, as expectativas, as relações e o comportamento entre as pessoas (profissionais e clientes) são diferenciados dos padrões a que estamos acostumados;
• existem grandes desafios de gerenciamento da informação: 1) controles de segurança insuficientes; 2) perda de controle sobre projetos; 3) os dados produzidos pelos sistemas de uma corporação não conseguem ser lidos e processados pelos sistemas das outras.