O segundo problema está relacionado com as relações Executivo-Legislativo. No presidencialismo estas relações apresentam características próprias e uma dinâmica diferente do sistema parlamentarista: é da interação entre os dois ramos do poder (Executivo e Legislativo) que surgem as políticas públicas.

Essa interação – os poderes são, supostamente, independentes e harmônicos – apresenta algumas grandes dificuldades, pois as condições para mútua cooperação não estão pré-definidas, devendo ser cuidadosamente construídas. No sistema presidencialista em geral, a cooperação entre Executivo e Legislativo é bastante limitada, o que é agravado quando temos uma estrutura pluri-partidária.