O botão esquerdo do mouse é usado para executar quase todas as operações no Vensim: selecionar um item do menu, clicar sobre um ícone, arrastar gráficos ou diagramas. O botão direito é utilizado para definir opções das ferramentas do diagrama, ferramentas de análise e objetos do diagrama.

As caixas de diálogo simplificam os controles separando as informações em diferentes "pastas" (representadas pelas guias) que podem ser percorridas por meio da tecla TAB. Também é possível mudar de uma "pasta" para outra clicando sobre a guia respectiva com o mouse. Veja um exemplo de caixa de diálogo, o Painel de Controle (Control Panel):

Nessa figura podemos observar que a guia Datasets está selecionada. As demais, Variable, Time Axis, Scaling e Graph podem ser selecionadas clicando-se com o mouse sobre as mesmas.