Essa é a parte física do problema, sendo necessário fazer algumas das conexões comportamentais. Construir os estoques e fluxos físicos do modelo é sempre um bom ponto de partida, pois nos leva a conhecer o sistema concretamente, simplificando a conceitualização de outras partes do sistema.

Uma abordagem alternativa para a construção de modelos pode ser construir, primeiramente, um diagrama de causas (sem se preocupar com estoques ou fluxos) e, posteriormente, ir convertendo-o em um diagrama de fluxos e estoques. A melhor maneira de trabalhar vai variar de indivíduo para indivíduo e do problema a ser analisado.