Inicialmente, era prevista pelo Decreto-Lei 2.288/86, que criou o Fundo Nacional de Desenvolvimento, a devolução do empréstimo compulsório, também previsto naquele instrumento legal, com cotas do FND. Entretanto, o Senado Federal, pela Resolução nº 50, de 09.10.95, suspendeu, por inconstitucionalidade declarada pelo Supremo Tribunal Federal, a devolução do empréstimo compulsório com cotas do FND. A partir daí, cessou qualquer espécie de vinculação do Fundo com o referido empréstimo.

Por sua natureza de fundo autárquico, o FND está obrigado a prestar contas anualmente aos órgãos de controle externo, por meio da apresentação de relatórios de gestão e demonstrações contábeis.