Com a promulgação da Constituição Federal em 1988 estes objetivos foram modificados vinculando-se a arrecadação do PIS-PASEP ao custeio do seguro-desemprego e do abono aos empregados com média de até dois salários mínimos de remuneração mensal, e a financiar programas de desenvolvimento econômico através do BNDES.

Apesar de a Lei Complementar nº 26, de 11 de setembro de 1975, estabelecer a unificação dos fundos PIS e PASEP, estes Programas têm patrimônios distintos e como agentes operadores o Banco do Brasil S.A. e a Caixa Econômica Federal, além do Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social, encarregado da aplicação dos recursos do Fundo.