À parte os riscos de fraude e operacionais, a maior fonte de risco em sistemas de pagamentos é a defasagem de tempo entre a contratação e a liquidação da operação, denominada lag de liquidação. Essa defasagem cria a possibilidade de a contraparte tornar-se inadimplente ou insolvente antes de a liquidação financeira ocorrer.

O lag de liquidação possibilita o risco de liquidação do pagamento, que se divide em risco de crédito e de liquidez. O risco de crédito é aquele em que a contraparte não cumpre a obrigação de transferência de fundos para a liquidação do pagamento, tanto na data acertada quanto em qualquer outra data futura. Em geral, esse risco está associado à insolvência da contraparte responsável pela transferência de fundos.