O risco de liquidez caracteriza-se pelo atraso no recebimento de fundos, para liquidação do pagamento, em relação à data contratada. O atraso obriga o recebedor dos fundos a financiar em mercado o desequilíbrio de fluxo de caixa resultante, caso não queira causar prejuízos a sua reputação perante os credores. Até que a liquidação esteja completada, o banco não possui certeza dos fundos que receberá por meio do sistema de pagamentos e se a liquidez de seu fluxo de caixa está adequada. Essa incerteza gera ineficiências, pois eleva os encaixes precaucionais de reservas.

Outra importante fonte de riscos é a possibilidade de o pagamento contratado ser revogado ou ser condicionado a algum outro evento. Esse problema relaciona-se à base legal que fundamenta as transações no sistema de pagamentos. Para que essa fonte de incerteza seja eliminada, é importante que o desenho dos sistemas garanta a finalização dos pagamentos no momento da sua contratação, evitando a possibilidade de revogabilidade e condicionalidade.

Os riscos de crédito e liquidez podem levar ao risco sistêmico. A inadimplência de um participante pode criar os mesmos problemas a outros participantes no que diz respeito ao cumprimento de suas obrigações de pagamentos. Em casos extremos, esses problemas contagiam os demais participantes via reação em cadeia, podendo afetar a estabilidade dos mercados financeiros. Esse tipo de risco é particularmente importante nos sistemas de pagamentos interbancários, em que a maior parte dos pagamentos é de grandes valores.