Outro nível de envolvimento do Banco Central no sistema de pagamentos é o operacional. Ele executa os serviços de liquidação interbancária de pagamentos por meio da conta Reservas Bancárias e fornece liquidez aos participantes para cumprimento de suas obrigações. Além disso, o Banco Central possui a propriedade de alguns sistemas, é operador, auditor e estabelece regras de funcionamento.

A condução da política monetária, principal função do Banco Central, é afetada pelo desenho do sistema de pagamentos. Um sistema de pagamentos eficiente, com baixo float, acelera a transmissão dos sinais de política monetária. A forma de liquidação dos pagamentos altera a estabilidade da demanda por reservas, com impactos sobre a sua previsibilidade, que é um dos aspectos fundamentais na gerência de liquidez do mercado de reservas.