Atualmente, a Compe liquida as obrigações interbancárias relacionadas principalmente com cheques de valor inferior ao VLB-Cheque (R$ 250 mil); a Compe liquidou obrigações relacionadas com DOC e com bloquetos de cobrança, respectivamente, até fev/04 e fev/05.

Cobrindo todo o território nacional, o sistema é composto, para fins de troca física dos documentos, por uma câmara nacional, quinze câmaras regionais e dez câmaras locais.

Na câmara regional, são trocados os cheques sacados contra agências bancárias localizadas nas praças por ela atendidas, vinculadas a uma praça centralizadora, sempre uma capital de Estado.