Na liquidação de operações com títulos e valores mobiliários, o SPB apresenta certa segmentação. O Sistema Especial de Liquidação e de Custódia – Selic, operado pelo Banco Central do Brasil, liquida operações com títulos públicos federais. A BM&F Câmara de Ativos também liquida operações com esses títulos, segundo sistemática diferenciada. As operações com ações, normalmente realizadas na Bolsa de Valores de São Paulo – Bovespa, são liquidadas por intermédio da Companhia Brasileira de Liquidação e Custódia – CBLC, entidade que também atua como depositária central desse valor mobiliário.

A CBLC liquida também as operações com ações e títulos negociados no âmbito da Sociedade Operadora do Mercado de Ativos – Soma. Os títulos de dívida corporativa são liquidados principalmente por intermédio da Central de Custódia e Liquidação Financeira de Títulos – Cetip, que também atua como depositário central.

A BM&F, além da Câmara de Ativos, opera sistema próprio de liquidação de operações com derivativos e outro para liquidação de operações de câmbio interbancário.