As obrigações financeiras relacionadas com esses contratos são liquidadas por intermédio de um sistema de compensação e de liquidação operado pela própria BM&F, no que, em sua estrutura interna, é denominada Câmara de Registro, Compensação e Liquidação de Operações com Derivativos BM&F, ou Câmara de Derivativos como é mais conhecida no mercado.

É um sistema com compensação multilateral de obrigações, sendo que a liquidação das posições líquidas diariamente apuradas é feita em D+1, por intermédio do Sistema de Transferência de Reservas – STR, em contas mantidas no Banco Central do Brasil. A BM&F atua como contraparte central e garante a liquidação das posições líquidas dos membros de compensação.

Na cadeia de responsabilidades, cada corretora se responsabiliza pelas posições dos seus clientes finais; cada membro de compensação se responsabiliza pelas posições das corretoras relacionadas a ele, bem como pelas posições dos clientes finais que operam diretamente com ele; cada instituição liquidante se responsabiliza pelas posições dos membros de compensação relacionados a ele e, a Câmara de Derivativos se responsabiliza pelas posições consolidadas dos membros de compensação, isto é, responde pelos riscos de liquidação de um membro de compensação em relação aos demais membros de compensação.