Normalmente a liquidação é feita com compensação multilateral de obrigações, sendo que, em situações específicas previstas no regulamento de operações, pode ser feita em tempo real, operação por operação.

Quando faz compensação multilateral de obrigações, a CBLC atua como contraparte central e assegura a liquidação das operações entre os agentes de compensação. A liquidação financeira final é feita sempre por intermédio do STR – Sistema de Transferência de Reservas, em contas mantidas no Banco Central do Brasil.

Participam do sistema, como agentes de compensação, bancos e corretoras e distribuidoras de títulos e valores mobiliários.

Para liquidar suas posições financeiras, o participante não-banco deve obrigatoriamente utilizar os serviços de uma instituição titular de conta Reservas Bancárias, na forma de contrato firmado entre eles. A CBLC conta com 61 agentes de compensação, sendo 28 agentes plenos e 33 agentes próprios (dez/04).