Pode engessar a empresa caso seja conduzido de forma ditatorial - Refere-se àqueles processos em que o gestor acha que o planejamento tem que ser seguido a “ferro e fogo” sob pena da empresa não alcançar seu objetivos traçados com bases nas premissas que fundamentaram as projeções. Este tipo de comportamento acaba por impedir a criatividade, a inovação e o empreendedorismo, provocando conformismo, insatisfação e desmotivação.

Dificuldade de implementação em mercado com alta volatilidade de preços Dependendo do porte da empresa e do nível de detalhamento das peças orçamentárias, o processo pode se tornar moroso e de alto custo.

Processo de obtenção de dados quantitativos para projeções complexas - Em muitas circunstâncias, dependendo do tipo de negócio das empresas, o processo de obtenção de variáveis que expliquem as variações de demanda e preço dos seus produtos é complexa e nem sempre auxiliam de forma objetiva a projeção dos resultados (negócios, receitas e despesas).

Complexidade na estruturação - O processo orçamentário, independente do porte da empresa, requer uma cultura orçamentária enraizada entre seus funcionários, exige tempo para levantamento de dados, análise de informações, construção de cenários e projeção de resultados além de criar rotinas contábeis e operacionais que aumentam a burocracia interna.

Foco Financeiro - Muitos atribuem ao orçamento uma falha básica de ater-se apenas aos itens financeiros, não incorporando fatores não-financeiros em sua estrutura.

Avaliação - O instrumento orçamentário desvirtua os gestores influenciando-os a não alinharem e vincularem as metas dos funcionários aos objetivos do negócio, prejudicando o processo de avaliação de desempenho individual e da empresa.