Se por um lado o orçamento apresenta uma série de vantagens, por outro, recebe muitas críticas. Algumas das desvantagens mais comumente citadas:

a) Pode engessar a empresa, principalmente se conduzido de forma ditatorial em que o gestor acha que o planejamento tem que ser seguido a “ferro e fogo” sob pena da empresa não alcançar seus objetivos com bases nas premissas que fundamentaram as projeções. Este tipo de comportamento acaba por impedir a criatividade, a inovação e o empreendedorismo, provocando conformismo, insatisfação e desmotivação;

b) O processo de obtenção de dados quantitativos para projeções é extremamente complexo, prejudicando sobremaneira a projeção dos resultados (negócios, receitas e despesas);

c) O processo orçamentário, independente do porte da empresa, requer uma cultura orçamentária enraizada entre seus funcionários, consome um tempo considerável para levantamento de dados, análise de informações, construção de cenários e projeção de resultados além de criar rotinas contábeis e operacionais que aumentam a burocracia interna;

d) O orçamento foca o lado financeiro, não incorporando fatores não-financeiros em sua estrutura;

e) O orçamento desvirtua os gestores influenciando-os a não alinharem e vincularem as metas dos funcionários aos objetivos do negócio, prejudicando o processo de avaliação de desempenho individual e da empresa