A estrutura por projeto tem nítidas vantagens quando comparada com a execução de projeto em uma organização departamental: o gerente tem autoridade sobre os recursos humanos, financeiros e materiais à disposição do projeto. As comunicações são mais expeditas e o trabalho entre especialistas flui com maior rapidez. Em suma, a integração é obtida sem as dificuldades inerentes à execução em estrutura departamental, por não violar a "cultura funcional", preservando o "status" intocável dos departamentos e os vínculos hierárquicos nele existentes.

Por outro lado, ela traz alguns problemas: nem todos os profissionais postos à disposição do projeto são integralmente utilizados, podendo haver ociosidade em diversas ocasiões e em vários graus. Além disso, o trabalho dos especialistas geralmente não é tecnicamente supervisionado, pois é executado fora do alcance da hierarquia funcional do departamento de sua especialização.

Em organizações tipicamente voltadas para projetos, tais como as de construção civil, poderá haver grande número de "estruturas de projeto", cada uma delas dedicadas a uma obra, localizada no seu "canteiro de obras", e em diversos estágios de evolução.