Observa-se de imediato o inconveniente intrínseco à estrutura matricial que é a perda da unicidade de chefia: em alguns momentos um profissional reporta-se a seu chefe de departamento e em outros, ao gerente do projeto. Isto é uma violação inconcebível para aqueles aferrados à estrutura hierarquizada e departamental.

Muitas pessoas, nos estágios evolutivos das organizações, simplesmente recusaram-se a trabalhar desta maneira, por problemas culturais, pessoais e da organização, e por falta de adequada preparação. Assim, os chefes sentiam-se diminuídos e desprestigiados com "interferências" em seus redutos e na prestação de serviços, por parte de seus subordinados, para "estranhos".

Por sua vez, sem uma clara distribuição de autoridade e responsabilidade, os profissionais ficavam confusos, sobre a quem prestar contas e quais, dentre seus chefes, serão os que, realmente avaliarão seu desempenho para fins de recompensas, promoções etc.

As organizações que correntemente trabalham com projetos, com o tempo, suplantaram estes obstáculos, não existindo mais estranheza no fato de alguém trabalhar simultaneamente no seu departamento e em um projeto e, com freqüência, em vários projetos ao mesmo tempo!