Muitas pessoas até hoje pensam que o NTFS é um sistema de arquivos inteiramente desenvolvido pela Microsoft, o que não é verdade. Seu projeto teve por base as análises das necessidades do novo sistema operacional, mas seus conceitos funcionais foram legados do sistema de arquivos HPFS (High Performance File System). Um sistema operacional muito conhecido nesta época era o OS/2, um projeto realizado em conjunto entre a Microsoft e a IBM.

Tanto a Microsoft quanto a IBM buscavam criar um sistema operacional de grande sucesso, cujo apelo principal seria a capacidade gráfica (naquela época, era muito maior o uso de sistemas operacionais baseados em linha de comando, como o DOS).

De todos os atributos do OS/2, os mais importantes estão em sua proteção, impedindo que um aplicativo derrube o sistema todo, pois o acesso à memória é exclusivo, e totalmente gerenciado pelo OS/2. O OS/2 também foi o primeiro sistema operacional a implementar TCP/IP, ter uma versão em 32 bits e máquina Java.

O OS/2 de fato continha inovações tecnológicas, mas esbarrava nos quesitos suporte e marketing. Fora isso, a IBM e a Microsoft começaram a se desentender e a empresa de Bill Gates decidiu abandonar o projeto e se dedicar ao desenvolvimento do Windows NT. No entanto, a Microsoft acabou levando consigo muitos conceitos funcionais do sistema de arquivos do OS/2, o HPFS. É claro que tais conceitos foram essenciais para a criação do NTFS.