Apesar de rodar sobre modo usuário, era comum os serviços do sistema operacional possuírem alguns privilégios que não eram fornecidos aos aplicativos convencionais, como um acesso direto a determinados setores da memória. Além disso, estes serviços eram iniciados logo após a inicialização do sistema, de modo que o provimento da funcionalidade era realizado como se todo o código estivesse sendo executado no mesmo modo, ou seja, a separação das funções era transparente para o usuário.

Um dos problemas encontrados nesta arquitetura é que segmentação e execução dos serviços do sistema operacional em diferentes modos de acesso gera uma perda de performance na execução do SO como um todo. Isto se dá em função da mudança constante de contexto e da necessidade de comunicação entre processos durante a execução de uma operação, fazendo com que os sistemas micronúcleo apresentem desempenho inferior aos monolíticos para a grande maioria dos processadores existentes.

Entretanto, ainda por conta da separação dos serviços e do minimalismo, os sistemas micronúcleo são considerados mais seguros do que os monolíticos, motivo pelo qual são constantemente utilizados em sistemas militares ou com requisitos especiais de confiabilidade, como as aplicações de tempo real e as utilizadas na aviação civil. Um dos motivos é a premissa existente que prega que quanto menor a quantidade de processos executados no modo kernel maior a confiabilidade do sistema operacional. Saiba+