Assim como ocorre com o sistema de arquivos FAT, o NTFS divide a área útil de armazenamento em blocos. Estruturalmente, o NTFS é simbolicamente dividido em duas partes, uma área reservada para a Tabela Principal de Arquivos (Master File Table – MFT) e uma outra utilizada para o armazenamento dos arquivos e diretórios propriamente dito, conforme exibido na figura abaixo.

Um quadro comparativo das principais funcionalidades dos sistemas FAT e NTFS, em suas diversas versões, é exibido abaixo.

FAT12 FAT16 FAT32 exFAT NTFS NTFS5
Compressão Não Não Não Não Sim Sim
Criptografia Não Não Não Não Não Sim
Quota de disco Não Não Não Não Não Sim
Arquivos esparsos Não Não Não Não Não Sim
Tolerância a falhas Não Não Não Sim (com o TFAT) Sim Sim
Performance em volumes pequenos Alta Alta Alta Alta Baixa Baixa
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