Assim como ocorre com o sistema de arquivos FAT, o NTFS divide a área útil de armazenamento em blocos. Estruturalmente, o NTFS é simbolicamente dividido em duas partes, uma área reservada para a Tabela Principal de Arquivos (Master File Table – MFT) e uma outra utilizada para o armazenamento dos arquivos e diretórios propriamente dito, conforme exibido na figura abaixo.
Um quadro comparativo das principais funcionalidades dos sistemas FAT e NTFS, em suas diversas versões, é exibido abaixo.
| FAT12 | FAT16 | FAT32 | exFAT | NTFS | NTFS5 | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Compressão | Não | Não | Não | Não | Sim | Sim |
| Criptografia | Não | Não | Não | Não | Não | Sim |
| Quota de disco | Não | Não | Não | Não | Não | Sim |
| Arquivos esparsos | Não | Não | Não | Não | Não | Sim |
| Tolerância a falhas | Não | Não | Não | Sim (com o TFAT) | Sim | Sim |
| Performance em volumes pequenos | Alta | Alta | Alta | Alta | Baixa | Baixa |