Cada sistema operacional é configurado para trabalhar com um determinado sistema de arquivos. Como vimos, as primeiras versões do MS Windows, por exemplo, utilizavam o sistema File Allocation Table, conquanto as versões mais recentes já utilizam o New Technology File System. As distribuições Linux, por sua vez, costumam utilizar versões do Extended File System.
Conforme já comentado, um dado disco pode possuir múltiplas partições, sendo que cada uma delas pode conter uma implementação diferente do sistema de arquivos. A grande questão que se põe é como prover acesso aos diferentes sistemas de arquivos em sistemas operacionais que implementam nativamente apenas um tipo específico de sistema de arquivos.
Foi neste contexto, de promover a interoperabilidade entre diferentes sistemas de arquivos, que o Virtual File System foi proposto.
O modelo esquemático do VFS é exibido na figura a seguir.