Ao iniciar a diagramação é importante definir se estamos tratando de um modelo lógico, conceitual ou físico. Para isso, cada ferramenta de modelagem possui um local onde configurar o tipo de modelagem. No Visual Paradigm, por exemplo, ao criar um novo diagrama do tipo Entidade Relacionamento, é solicitado ao usuário definir qual tipo de diagrama estamos criando.

Veja no desenho abaixo, no canto superior direito:

Para nosso primeiro exemplo, criaremos um modelo conceitual (primeira opção).

A maioria das ferramentas de modelagem de banco de dados apresentam os três tipos de modelagem (conceitual, lógico e físico). Ainda, a grande parte das ferramentas possuem funcionalidades de ao finalizar um modelo físico ser possível cria-lo dentro do banco de dados. Isso pode ser feito tradicionalmente de duas formas: ou a ferramenta de modelagem cria um script SQL que é executado dentro do SGBD ou a ferramenta se comunica com o SGBD e gera lá dentro a estrutura do banco de dados.

Grande parte das ferramentas de modelagem apresenta uma funcionalidade muito utilizada, que é a capacidade de gerar um modelo físico a partir de um banco de dados existente dentro de um SGBD. Para isso, a ferramenta se conecta do SGBD e, por meio de técnicas de engenharia reversa, ela extrai as informações do SGBD e cria o modelo de dados físico automaticamente.