Para criar um índice na ferramenta de modelagem, geralmente essa configuração é acessada por meio do botão direito sobre o atributo e escolhendo opções de propriedades.

Veja abaixo na tela de especificação da coluna do Visual Paradigm, onde podem ser marcadas as opções de índices do atributo:

Observe na parte inferior da tela, onde é possível declarar o atributo como chave primária, aceitar valores nulos, ser único ou um índice simples.