É importante ressaltar que a organização baseada em uma estrutura funcional pode representar alguns desafios para a gerência de projetos:

Projetos interdepartamentais são virtualmente inexistentes.
O gerente de projetos tem pouca ou nenhuma autoridade: seu poder é literalmente esmagado pelos gerentes funcionais.
Os funcionários não priorizam projetos, porque no fundo são avaliados pela sua performance no trabalho operacional (que é o foco real deste tipo de empresa).
Normalmente em organizações funcionais não existe a posição de “gerente de projetos”. Saiba+

O quadro a seguir apresenta de forma resumida as vantagens e desvantagens da adoção deste tipo de estrutura.

Estrutura Funcional
Vantagens	Desvantagens
Especialistas podem contribuir em diferentes projetos	Alternância entre projetos reduz a produtividade
Mais fácil ascensão profissional dos especialistas	Tende a haver envolvimento com o projeto, mas não comprometimento
Melhor aproveitamento da equipe (menor ociosidade eventual)	Maior demora no atendimento ao projeto
Melhor continuidade do conhecimento tecnológico	Abordagem do projeto em visão menos holística (global)

Virtualmente inexistentes

O máximo que se consegue é que cada departamento trate o projeto como uma atribuição interna e a interface entre eles seja feito pelos gerentes.

Os funcionários não priorizam projetos

É muito comum haver atrasos justificados porque “ocorreu uma emergência na minha área”. Isso acontece também porque normalmente esses funcionários não são alocados em projetos em tempo integral. Aliás, esse também é o caso do gerente de projetos.

Saiba+

O comum é alocar um funcionário que é um técnico reconhecido na área de atuação do projeto e indicá-lo como “expedidor de projetos”, e o que é pior, praticamente sem autoridade e alocado nesta função em tempo parcial. É uma piada corrente que a única pessoa realmente interessada no projeto neste ambiente é o pobre do expedidor.